常熟古称琴川、海虞、南沙等，简称虞、虞城。6700多年前常熟境内就有人类活动。商末为勾吴北境。周朝初，常熟地方属吴国。春秋战国时，先后属越、楚、秦。秦代常熟属会稽郡吴县。西汉时期，常熟仍属会稽郡吴县，设有虞乡。东汉时属吴郡吴县，境内有虞乡、南沙乡，在南沙乡设司盐都尉，为地方设吏治的开始。三国时期，在虞乡设虞农都尉。西晋太康四年（283），以虞乡设置海虞县，县治设海虞城（今虞山街道古城区），隶于吴郡，为常熟境域有县治之始。东晋咸康七年（341），撤司盐都尉署，以南沙乡建立南沙县，隶于晋陵郡。南朝齐永泰元年（498），海虞县北境设置海阳县，隶于晋陵郡。南朝梁大同六年（540），于南沙之地置常熟县，县治设南沙城（今海虞镇福山），隶于信义郡，是为常熟县名之始。隋朝建立后变州、郡、县三级制为州、县两级，废信义郡，以海阳、前京、兴国、海虞、南沙等县并入常熟县，县治设南沙城，隶属于吴州（今苏州）。隋开皇九年（589），以常熟县置常州，设常州理。不久，又移常州理于晋陵县，常熟复为县，隶于苏州。元代元贞元年（1295）常熟县升为常熟州，明代洪武二年（1369）常熟州复为县。弘治十年（1497），设立太仓州，将常熟双凤的5个都划给太仓。清代雍正四年（1726），析常熟县东境置昭文县，两县同城分治。1911年辛亥革命后，两县重新合并为常熟县。1949年4月27日，常熟解放。5月，以常熟县城区及近郊设市，市、县合署办公。1958年4月，撤销常熟市，常熟市境归常熟县管辖。1961年11月18日，根据国务院文件，常熟县划出大义公社以北的14个公社和常阴沙农场近3.33万公顷耕地、34万人口归属新设置的沙洲县（现张家港市）。1983年1月18日，撤销常熟县建置，以常熟全境设立常熟市（县级），归苏州市管理。现市人民政府所在地为虞山街道金沙江路8号。